גופים הפעילים במסגרת מה שמכונה ה"מגזר השלישי" מאוגדים תחת מספר שמות המבטאים פעילות למען מטרה ציבורית. גופים אלה מופיעים בכינויים שונים בחוקים הרבים המסדירים את פעילותם. בהגדרת "מוסד ללא כוונת רווח" בחוק מס ערך מוסף ההגדרה הרלוונטית לפעילות בצורת עמותות הינה: "חבר בני אדם, מואגד או לא מואגד, שאין עיסוקו לשם קבלת רווחים ושאינו מוסד כספי". מלכ"ר במהותו הוא גוף שבו האינטרסים והמניעים המוסריים והחברתיים של מקימיו והחברים בו הם בעלי חשיבות מכרעת בהפעלתו.
בחוק העמותות משנת 1980 נקבע בסעיף 1: "שני בני אדם או יותר החפצים התאגד כתאגיד למטרה חוקית שאינה מכוונת לחלוקת רווחים בין חבריו, רשאים לייסד עמותה, העמותה תיכון עם רישומה בפנקס העמותות."
בפקודת מס הכנסה (נוסח חדש), התשכ"א- 1961 (להלן" פקודת מס הכנסה") קיימת הגדרה השונה מזו שבחוק העמותות וחוק מע"מ. בסעיף 9 (2) מדובר על "מוסד ציבורי", שהוא חבר בני אדם שפועלים למטרה ציבורית, שנכסיהם והכנסותיהם משמשים להשגת המטרה הציבורית בלבד. המוסד הציבורי חייב להגיש דין וחשבון שנתי לגבי נכסיהם, הכנסותיהם והוצאותיהם להנחת דעתו של פקיד השומה, על פי תקנות שקבע שר האוצר. כמטרה ציבורית קובעת פקודת מס הכנסה מספר תחומים ופעילויות כגון: דת, תרבות, חינוך, מדע, בריאות, סעד או ספורט. רשימת תחומי הפעילות אינה רשימה סגורה. בחוק נקבע שגם מטרה אחרת שאושרה על ידי שר האוצר תחשב למטרה ציבורית. כלומר שר האוצר רשאי להוסיף על תחומים אלה נושאים אחרים בתחומים אלטרואיסטים וחשובים לחברה שהמדינה מעוניינת לקדם באמצעות מוסדות ללא כוונת רווח.
פקודת מס הכנסה פוטרת ממס את ההכנסות של המוסד הציבורי (עמותה), במידה והן לא הושגו מפעילות עסקית (בפסיקה נקבעו מבחנים אשר מסווגים פעילות כפעילות עסקית למטרת רווח). כמו כן לא פטורים ממס דיבידנד או ריבית והפרשי הצמדה ששולמו על ידי חבר בני אדם שבשליטת המוסד הציבורי ושעוסק בפעילות עסקית. כלומר, אם המוסד הציבורי מקבל הכנסות מהסוג הנ"ל מבנק או חברה ציבורית שאינו קשור אליה, אזי הכנסה זו פטורה בידיו. שר האוצר רשאי לפטור הכנסה של מוסד ציבורי שהוא קופה לגמילות חסדים ממקורות שאינם פטורים למשך תקופה ובתנאים שיקבע. שר האוצר משתמש בסמכות זו באופן מצומצם בלבד.

ניהול פנקסים לצורך מס למוסדות ציבוריים ועמותות.

על מוסדות ציבור, עמותות ומלכ"רים חלות הוראות מיוחדת בעניין ניהול ספרי הנהלת החשבונות שלהם. בסעיף 130 לפקודת מס הכנסה נאמר כי הנציב (מנהל רשות המיסים) יקבע הוראות בדבר אופן ניהול פנקסי המוסד הציבורי לגבי הכנסות, הוצאות, תקבולים ותשלומים. כמו כן קיימות הוראות מפורטות לגבי אופן הגשת הדוחות הכספיים של העמותות. מנהל רשות המיסים פרסם הוראות מיוחדות לניהול פנקסי חשבונות על ידי מוסד ציבורי . הנחיות אלה מפרטת את הספרים שהמלכ"ר חייב לנהל כדי לענות על דרישות חוקי המס. בין השאר יש לנהל ספר קופה לרישום התקבולים, שוברי קבלה לתקבולים רגילים ושוברי תקבולים מיוחדים לתרומות, פירוט ההכנסות על פי סוגן ופירוט ההוצאות. מוסד שיש לו הכנסה מעסק ינהל, בנוסף לספרים הנזכרים גם מערכת פנקסים נפרדת לגבי הכנסתו מעסק, על פי סוג ההכנסה בהתאם להוראות הכלליות לניהול פנקסים. (ממומלץ להתייעץ עם רואה חשבון הבקי בתחום בעניין מבנה מערכת הספרים הדרושה ).
מוסד ציבורי, מלכ"ר ועמותה רשאים להעסיק עובדים בשכר לשם כך על גופים אלה לפתוח תיק ניכויים במשרד השומה ולנכות מס הכנסה כחוק מהשכר המשולם לעובדים. כמו כן קיימות הוראות מיוחדות לעניין חובתם לשלם "מס שכר" ומקדמות בגין הוצאות עודפות על הוצאות מסוימות.

עידוד הציבור לתרום כספים לפעילות העמותות והמלכ"רים העומדים בקריטריונים.

המחוקק מעניק הנחות במס לציבור התורמים למוסדות המוכרים על מנת להקל על פעילותם לקידום המטרות שהוגדרו בפקודה. עידוד התרומות על ידי הקלה במס לתורמים נועד להקטין את הסעיפים שבתקציב המדינה המיועדים לתמיכות בתחומים שהעמותות מקדמות. על פי סעיף 46 לפקודת מס הכנסה, שכותרתו "תרומה למוסד ציבורי" מוענק זיכוי בשיעור 35% מהמס שאותו התורם חייב לשלם למס הכנסה בשנה שהוא תרם למוסד כספי מאושר. ההנחה במס ניתנת לתורם שהוא יחיד או לחברה. סכום תרומה מינימאלי לשנת המס 2007 המזכה בהנחה במס הוא 380 ₪ . הסכום המכסימלי הינו 4,000,000 ₪, זאת בתנאי שסכום התרומה אינו עולה על 30% מההכנסה החייבת (הכנסה אחרי קיזוז הוצאות מוכרות) באותה שנה. סכומי תרומות שנתרמו מעבר לתנאי זה מועברים לקבלת זיכוי ממס לשלוש השנים הבאות ברצף.


תנאים לקבלת הכרה כמוסד שתרומות הניתנות לו מעניקות הנחה במס לתורם.

מחלקת מוסדות ציבור ומלכ"רים שבנציבות מס הכנסה פרסמה מדריך למילוי בקשה להכרה במוסד ציבורי לעניין תרומות לפי סעיף 46 לפקודת מס הכנסה. במדריך מפורטים התנאים בהם נדרש המוסד הציבורי לעמוד לשם קבלת אישור לפי סעיף 46 לפקודת מס הכנסה לתרומות. כמו כן יש במדריך הוראות והנחיות לאופן קבלת פטור והקלות במיסוי מכירת זכות במקרקעין על פי חוק מיסוי מקרקעין. בין השאר נדרש לצרף לבקשה העתק בקשה לרישום המוסד הציבורי כעמותה במשרד רשם העמותות או כחברה לתועלת הציבור על פי סעיף 11 לחוק החברות, "אישור ניהול תקין" לשנה בה מוגשת הבקשה . אישור זה ניתן על ידי רשם העמותות לעמותה העומדת בתנאים אותם קבע . כמו כן נדרש אישור המוסד הציבורי כמלכ"ר לפי חוק מס ערך מוסף, שהוא תנאי לפתיחת תיק לעמותה במס הכנסה. התנאים לקבל אישור זיכוי לתרומות הם רבים ומפורטים. אי מילוי חלק מהדרישות יעקב או ימנע את קבלת האישור.

מתי מוסד ציבורי עלול להפסיד את ההקלות במס?.

במדריך הנ"ל ובהוראות מקצועיות נציבות מס הכנסה ומס ערך מוסף פרסמו קוים מנחים אשר עלולים לפסול את מעמדו המיוחד לצורך מס של מוסד ציבורי. להלן עיקרי הסיבות לפסילה:
1. אם היקף הפעילות העסקית מהותי ביחס לכלל הפעילות של המוסד הציבורי.
2. אם המוסד הציבורי רשום כעוסק המס ערך מוסף.
3. אם המוסד הציבורי מתחרה בעסקים בסקטור הפרטי מבחינת אופי השירותים והמוצרים שהוא מעניק .
4. אם המחירים שהמוסד הציבורי גובה מהמשתמשים קרובים למחירי השוק הפרטי של אותו שירות או מוצר.
5. אסור שהתרומות למוסד הכספי יהיו תנאי או מסווה לקבלת שירותים מהמוסד. למשל, מוסך חינוכי המחייב הורי תלמידים הלוקחים חלק בפעילותו מחויבים לשלם סכומים ניכרים עבור השתתפות בניהם בפעילות. העניין חמור שבעתיים אם המוסד נותן להורים אישור תרומה במקום קבלה רגילה עבור שירות.

מתי פעילות מוסד ציבורי תסווג כפעילות עסקית?.

פקודת מס הכנסה אינה פוטרת ממס פעילות עסקית של מוסד ציבורי. פקיד השומה רשאי לבחון פעילות של מלכ"ר או עמותה ולסווג אותה מחדש, עד כדי קביעה שמדובר בפעילות עסקית החייבת במס, למרות שהיא מבוצעת במסגרת הפורמאלית של מוסד ציבורי. נושא סיווג הפעילות נדון במספר פסקי דין. פסק דין ישן אך עדין מנחה בנושא הינו ע"א 335/79 "אגודת ידיד האוניברסיטה העברית בע"מ " שניתן על ידי בית המשפט העליון בשנת 1980 . במקרה דנן האוניברסיטה העברית, שהיא מוסד ציבורי, קיבלה פרדס כתרומה על ידי תושב חוץ . היא הייתה מעוניינת למכור אותו, אך המכירה השתהתה למשך שנתיים. בתקופת הביניים עובד הפרדס על ידי אגודה שיתופית שהעבירה את ההכנסות מהפרדס לאוניברסיטה. האוניברסיטה בקשה לקבוע כי ההכנסה מהפרדס פטורה ממס על פי הוראות סעיף הפטור למוסדות ללא כוונת רווח. בית המשפט קבע כי הכנסה זו אינה עומדת בתנאים של סעיף הפטור 9(2), ולכן תחשב להכנסה מעסק בידי האוניברסיטה ותחויב במס הכנסה רגיל. מסקנת בית המשפט הייתה כי למרות שהאוניברסיטה לא עיבדה בפועל ולא התעסקה במכירת תוצרתו של הפרדס שקיבלה כתרומה, יש לראות באגודה שעיבדה את הפרדס כזרוע ארוכה של המוסד הציבורי והפקת הכנסה מהפרדס תחויב במס בידי המוסד הציבורי.

מקרה נוסף נדון בבית המשפט העליון בע"א 767/87 " עמותת בשערייך ירושלים נגד מנהל המכס ומס ערך מוסף " במסגרת ערעור מס ערך מוסף. מדובר בעמותה שניהלה רשת של 12 חנויות מזון ברחבי הארץ. חנויות העמותה היו פתוחות לכלל הציבור. הכנסות העמותה שימשו לסבסוד מוצרים כדי שימכרו במחיר זול במיוחד למוסדות דתיים, לאלמנות ונזקקים. בית המשפט העליון קבע כי מנהל מס ערך מוסף מוסמך על פי סעיף 58 לחוק מע"מ לשנות את סיווג האגודה, ולפצל את מעמד האגודה כך שהחנויות ירשמו כ"עוסק" (החייב במע"מ על פעילותו), ויתר הפעילויות של האגודה כגון ארגון מועדוני נוער ירשמו כמוסד ללא כוונת רווח. בסעיף 58 נקבע:
" המנהל רשאי לפי בקשת מי שנמנה עם סוג פלוני של חייבי מס או ביוזמת עצמו, לרשום אותו כנמנה עם סוג אחר, הן לכל עיסוקיו או פעילויותיו והן למקצתם, אם ראה שמהותם קרובה יותר לסוג אחר".
בהוראות נוהל פנימיות של מס ערך מוסף נקבעו 4 קריטריונים לסיווג נישום כמלכ"ר:
1. מהמסמכים משתקפת העובדה כי עיסוקה של החברה הוא אך ורק למטרת החברה, הן הנכסים והן ההתחייבויות של החברה משמשים להשגת מטרת החברה ואין חלוקת דיבידנד או טובת הנאה לבעלי המניות באופן פרטי.
2. במאזן החברה או בהצעת התקציב השנתי, יש לבחון מה הם מקורות ההכנסה לפי מהות העיסוק שלה, כמו כן יש לבחון מה הם המקורות המממנים את הגרעון התפעולי, לאחזה מטרה מייעדים את יתרת הרווח השנתי אם יש.
3. מהות פעילותה של החברה אינה עסקית ואינה מהווה גורם מתחרה לעסקים אחרים.
4. האם רישום החברה כמלכ"ר לא יגרום להפלייתה לטובה לעומת עסקים אחרים בענף המתחרים בה.

למרות שמטרתה הסופית של האגודה הייתה להשתמש בכספי מכירת מוצרי המזון לקידום מטרותיה לתמיכה בנזקקים, נקבע כי החנויות לממכר מזון של האגודה לא עמדו בתנאי שהפעילות העסקית אינה מהווה גורם מתחרה לשוק הפרטי. כמו כן נקבע שהתרת סיווגה כמלכ"ר גורם להפלייתה לטובה על פני עוסקים אחרים בתחום, עקב העובדה כי אינה חייבת במע"מ, ויש באפשרותה להציע לצרכן את המוצרים במחירים נמוכים משאר העוסקים.
למניעת אפליה זו, ולמניעת פגיעה בלתי מוצדקת בהכנסות האוצר ממס ערך מוסף החליט בית המשפט העליון לסווג את חנויות המזון של האגודה כ"עוסק" והשאיר את סיווגה כמלכ"ר לצורך הפעילות האחרת.

סיכום.

הרישום כמוסד ללא כוונת רווח במשרדי רשם העמותות, במע"מ ומרשמים אחרים כפוף לבדיקה בכל עת של הרשויות בזיקה לפעילות האמיתית של התאגיד. ראשית יש לעמוד בתנאים של מוסד ציבורי על פי פקודת מס הכנסה, ולאחר מכן חובה לעמוד בכל הדרישות החוקיות על פי החוקים והתקנות שמכוחם פועלים ארגונים שלא למטרת רווח. כדי ליהנות מפטור ממס והקלות אחרות חובה להקפיד על מילוי הדרישות לאורך כל שנות פעילות העמותה. בפסק דין שניתן לאחרונה בעניין "ישיבת אוהל יוסף" לא הצליחה המערערת שהייתה רשומה כעמותה לבסס את טענתה כי המטרה של בנייה לחרדים וזוגות צעירים נכנסת לגדר אחת החלופות של הגדרת "מטרה ציבורית" על פי סעיף 9 (2) לפקודת מס הכנסה. המסקנה מפסק דין זה הינה כי קבלת פטור והקלות במס עבור פעילות למטרה ציבורית הוא נושא הנתון לביקורת ולבחינה של הרשויות הנוגעות בדבר, ומחייב את ראשי המוסדות בשמירה קפדנית על הוראות והנחיות הגופים השונים כדי למנוע שלילה אפשרית של ההקלות וההטבות במס.