סעיף 65 לפקודת מס הכנסה מחיל, כברירת מחדל, עיקרון שלפיו הכנסות בני זוג נשואים ימוסו בחישוב מאוחד כהכנסתו של "בן הזוג הרשום", שזהותו נקבעת לפי סעיף 64ב לפקודה (בדרך כלל בעל ההכנסות הגבוהות מבין השניים). סטטיסטית מדובר לרוב בבעל.
ברוב הפעמים חישוב מאוחד יביא לחיוב מס גבוה יותר מחישוב נפרד. הסיבות העיקריות לכך נובעות משילוב קיומן של מדרגות מס ומיסוי ישיר פרוגרסיבי. פערי המס בין שתי שיטות החישוב גדלים ככל שרמת ההכנסה של בני הזוג גדלה ומתפצלת באופן שוויוני ביניהם. אלו עשויים להגיע אף לכדי כ-100 אלף שקלים בקירוב לשנת מס אחת (כולל ריבית והפרשי הצמדה נכון להיום).
עם זאת, המחוקק התיר בסעיף 66(א) לפקודה למי שאינו "בן הזוג הרשום" לבקש חישוב נפרד בגין הכנסתו מיגיעה אישית, כאשר אין תלות בין מקורות ההכנסה של בני הזוג. זהו מצב אופייני לבני זוג העובדים במקומות שונים ובלתי קשורים לחלוטין. ואולם, כאשר מקום העבודה משותף והוכח כי קיימת תלות במקורות ההכנסה, לא ניתן לבצע חישוב נפרד כאמור. מצב זה שרר עד סוף שנת המס 2013.
החל משנת 2014 ניתן לבצע חישוב מס נפרד גם אם מקור ההכנסה משותף
בתחילת שנת 2014 שונה החוק (תיקון 199), באופן המאפשר חישוב נפרד גם כאשר מקור ההכנסה של הזוג משותף, בתנאים הבאים: היגיעה האישית של כל אחד מהם נדרשת לייצור ההכנסה; כל אחד מהם מקבל הכנסה המתאימה לתרומתו לייצור ההכנסה, וביחס ישיר לתרומתו; אם ההכנסה מופקת בביתם, הבית משמש בדרך קבע את מקור ההכנסה המשותף, ורוב הפעילות נעשית שם.
נתמקד דווקא במצב ששרר עד סוף 2013 בשל טעות רווחת ונפוצה אצל מרבית העוסקים בתחום, ברשות המסים ומחוצה לה, בנוגע לפרשנות הנכונה של שני פסקי דין מנחים שניתנו בסוגיה זו בבית המשפט העליון בפער של כתשע שנים: "הלכת קלס" משנת 2003 ו"הלכת מלכיאלי" משנת 2012.
טעות נפוצה זו קריטית לנישומים רבים עם שומות פתוחות, כאשר כיום מדובר בדרך כלל בשנים 2011–2013, או לשנים קודמות בנסיבות של שומות לפי מיטב שפיטה בהשגה, או שנים קודמות נוספות הנמצאות בהתדיינויות בבתי המשפט, שעלולה להסתכם במאות אלפי שקלים של הפרשי מס לאותן שנות מס רלוונטיות.
הפקודה לא הגדירה מהי תלות, אלא במקום זאת מנתה בסעיף 66(ד) הישן שלוש חזקות לקיום תלות, כאשר אם מתקיימת אחת מהן לא יתאפשר חישוב מס נפרד. עד שנת 2003 הייתה עמדת העוסקים בתחום שמדובר בחזקות חלוטות שאינן ניתנות לסתירה. בשנת 2003 פסק בית המשפט העליון בפרשת קלס כי החזקות דווקא ניתנות לסתירה. בעקבות כך נסללה הדרך לעריכת חישוב מס נפרד גם כאשר שני בני הזוג עבדו בעסק משותף, בנסיבות הרלוונטיות, ורשות המסים אף הוציאה הנחיות לכך בחוזר 10/2004.
חלק מהזוגות שהזדרזו לחתום על הסכמים לחישוב מאוחד ב"תקופת המבצע" שקבעה רשות המסים, קרוב לוודאי חויבו במס גבוה יותר בשל כך
בסוף שנת 2012 ניתן בבית המשפט העליון פסק דין חדש בפרשת מלכיאלי. הפרשנות שנתנה בפועל רשות המסים לפסק הדין, וכך הנחתה את פקידי השומה, הייתה כי "הלכת מלכיאלי" ביטלה את "הלכת קלס" שקדמה לה, ופירשה את החזקות לתלות כחלוטות ובלתי ניתנות לסתירה. מרבית העוסקים בתחום מקבלים פרשנות שגויה זו, דבר שהביא בעיקר בשלהי 2013 נישומים רבים לחתום על הסכמים לחישוב מאוחד עם פקיד השומה שלהם, ב"תקופת מבצע" שהכריזה עליה רשות המסים, ולטעמנו בחלק מהמקרים חויבו נישומים אלה במס גבוה ממה שהיה עליהם לשלם.
כלומר, הטעות הנפוצה היא כי "הלכת מלכיאלי" ביטלה את "הלכת קלס", ולא כך הוא: הפרשנות הנכונה שיש לתת ליחס שבין שתי ההלכות, היא כי "הלכת קלס" נותרה על כנה ולא בוטלה ב"הלכת מלכיאלי".
משמעות הדבר היא כי במקרה שנסתרו בעבר החזקות לתלות שבסעיף 66(ד) הישן לפקודה, ובשל כך נערך חישוב מס נפרד בשנים שלאחר הלכת קלס, יש לערוך חישוב נפרד גם לאחר פסק הדין מלכיאלי, שלא שינה במאומה את עובדת סתירתן של החזקות האמורות. לכן, דרישת רשויות המס מנישומים רבים לערוך חישוב מאוחד על השנים הפתוחות עד 2013 בשל הלכת מלכיאלי, אינה מוצדקת במקרים רבים.
מומלץ לנישומים שיש להם שומות פתוחות או שומות בהשגה, או שהם נמצאים בהתדיינויות משפטיות בסוגיה זו, להתייעץ עם מומחה מסים שיבדוק כל מקרה לגופו, ויוודא אם מוצדק החישוב המאוחד שערך להם פקיד השומה או לא.
התייעצות והתנהלות מושכלת מול רשויות המס עשויה לחסוך חיובי מס משמעותיים. יצוין כי עמדת המחבר עמדה במבחן המציאות והתקבלה על ידי פקיד השומה בנסיבות מתאימות שבהן טען טענותיו.