במערכת האזרחית, החלטת מעצר בכל ערכאה ניתנת לערעור. בין אם בזכות על החלטת מעצר של בית משפט השלום ובין אם לאחר קבלת רשות של בית המשפט העליון, על החלטת מעצר של בית משפט מחוזי, כאשר הוא משמש כערכאת ערעור (החלטת מעצר שניתנת בבית המשפט המחוזי כערכאה ראשונה, ניתנת לערעור בזכות לבית המשפט העליון).
במערכת הצבאית הדברים הם שונים במעט.
על החלטת מעצר של בית הדין המחוזי - המשמש ערכאה ראשונה במערכת בתי הדין הצבאיים - ניתן לערער בזכות לבית הדין הצבאי לערעורים.
בית הדין הצבאי לערעורים ידון בערעור כפי שבית משפט מחוזי ידון בערעור על בית משפט השלום, ובעצם ״מחדש״.
כלומר: הטענות ייטענו שוב בפניו, והוא רשאי לקבל ראיות חדשות שלא הוצגו בפני בית הדין המחוזי, בין אם היו בידי התביעה או שלא היו בידי התביעה והתווספו לאחר הדיון בערכאה הראשונה.
האם ניתן להגיש בקשת רשות ערעור על החלטת מעצר של בית הדין הצבאי לערעורים לבית המשפט העליון?
כאמור, במערכת האזרחית, ניתןל להגיש בקשת רשות ערעור לבית המשפט העליון על החלטת מעצר של בית המשפט המחוזי, ביושבו כערכאת ערעור, או בזכות אם בית המשפט המחוזי החליט במעצר כערכאה ראשונה.
במערכת הצבאית לא ניתן להגיש בקשת רשות ערעור על החלטת מעצר של בית הדין הצבאי לערעורים.
העניין הובא בפני בית המשפט העליון בעניינו של יבגני יקימוב, בשנת 2007, והוכרע ע״י כב׳ השופט (כתוארו דאז) עוזי פוגלמן. על החלטת בית המשפט העליון, ערעור על החלטת מעצר נעשה בהתאם להוראה מפורשת בחוק, ומכיוון שחוק השיפוט הצבאי אינו קובע דרך להגשת בקשת רשות ערעור לבית המשפט העליןו על החלטות מעצר של בית הדין הצבאי לערעורים, החלטתו היא סופית.
ישנם עוד עניינים בהם לא ניתן להגיש ערעור לבית המשפט העליון על החלטה של בית הדין הצבאי לערעורים - שגם במערכת האזרחית חלים - כמו למשל: בקשה לקבלת חומר חקירה, לפי סעיף 74 לחוק סדר הדין הפלילי. במקרים אלה, לעיתים, במקום ערעור, מוגשת עתירה לבג״ץ אשר מתקבלת לעיתים נדירות (ובעיקר, רק כאשר המדינה היא זו שמגישה אותה).
אנקדוטה: השימוש במלה ״ערעור״ על החלטת מעצר, נהוגה רק במערכת הצבאית, כיוון שחוק השיפוט הצבאי נוקט את המלה ״ערעור״ ולא ״ערר״ כפי שמופיע בחוק סדר הדין הפלילי.
לכן, במערכת האזרחית: ערר מעצר. במערכת הצבאית: ערעור מעצר.
